A principal distinção está no objetivo e na aplicação de cada um.
- O Pilates tradicional é usado para melhoria da força, flexibilidade, postura e capacidade física em geral, sendo realizado por qualquer pessoa com instrução, feito em grupos ou individualmente, mas sem necessariamente pensar em lesões ou condições específicas de saúde que possam existir.
- Já o Pilates Clínico é usado para reabilitação, adaptado para tratar lesões ou problemas musculoesqueléticos e para melhorar condições de saúde. Neste caso é realizada uma avaliação individual, com um programa personalizado de exercícios, que visa tratar problemas específicos, sendo conduzido por fisioterapeutas ou outros profissionais de saúde, para pessoas que necessitem de uma abordagem específica.

O Pilates Clínico é um método de exercício que se baseia em alguns princípios, nomeadamente:
- RESPIRAÇÃO: no pilates clínico defende-se uma respiração costal inferior ou diafragmática. De uma forma geral, inspiramos para “preparar o movimento” e expiramos aquando, a realização do movimento mais exigente, a nível muscular e vertebral.
- CENTRALIZAÇÃO: é a capacidade de realizar o movimento a partir da ativação do centro do nosso corpo (“powerhouse”). Este “centro” é constituído pela musculatura profunda abdominal, diafragma, multifidus e musculatura do pavimento pélvico, sendo que a co-ativação de toda esta musculatura, promove uma maior estabilidade e eficiência na execução do movimento.
- CONCENTRAÇÃO: a concentração torna-se fundamental para a execução dos exercícios no pilates clínico, visto que manter os alinhamentos com consciência corporal é um grande desafio, que só se consegue estando concentrado e focado, no presente e no exercício.
- CONTROLO: ter o controlo do movimento juntamente com a respiração e com os respetivos alinhamentos é algo que se torna bastante desafiante no pilates clínico. No entanto, este controlo permite-nos melhorar a qualidade do movimento, através de um trabalho muscular mais eficaz, de forma a diminuir padrões compensatórios de movimento que possam existir.
- PRECISÃO E FLUIDEZ: a precisão do movimento é um dos princípios que se desenvolve a longo prazo com a prática do exercício e foca-se essencialmente na qualidade do movimento. A integração deste princípio ao longo do tempo promove um maior controlo do movimento, tornando-o mais harmonioso e fluído.
- INTEGRAÇÃO E ROTINA: a integração refere-se à capacidade de identificarmos alterações compensatórias de movimento e conseguirmos adaptar e/ou corrigir de forma a potencializarmos a funcionalidade do nosso corpo. A repetição consistente de determinados exercícios permite obter melhores resultados, melhorar competências e promover a funcionalidade de acordo com os objetivos de cada pessoa.
Assim sendo, o pilates clínico consiste em movimentos controlados, precisos e fluidos que são executados dando ênfase, a uma respiração adequada, ao alinhamento postural e à ativação do centro do nosso corpo, mantendo para isso a concentração.

O Pilates Clínico é indicado para pessoas de todas as idades que procuram melhorar a postura, a força e a flexibilidade, com acompanhamento especializado. É especialmente benéfico para:
- Quem sofre de dores nas costas ou problemas posturais;
- Pessoas em reabilitação de lesões ou cirurgias;
- Grávidas ou no pós-parto, com exercícios adaptados;
- Quem quer prevenir lesões e melhorar a sua condição física, quer seja para ganhos de força, flexibilidade, equilíbrio e controlo postural.

- Promove o aumento da consciência corporal;
- Melhora a força, resistência muscular, flexibilidade e equilíbrio;
- Promove aumento da estabilidade da parede abdominal/ core abdominal;
- Melhoria da postura e alinhamento corporal;
- Reabilitação e prevenção de futuras lesões;
- Promoção de relaxamento e de um bem-estar mental (a concentração necessária durante os exercícios, promove uma diminuição dos níveis de stress e ansiedade);